No contexto do Memorando de Entendimento de 2007, complementado com a deliberação da X Reunião dos Ordenadores Nacionais dos PALOP e Timor-Leste com a União Europeia, realizada em Luanda – Angola, em Março de 2014, a governação deste Programa de Cooperação compreende:

• Uma presidência rotativa com mandato de um ano, assegurada pelo Ordenador Nacional do FED do país anfitrião do plenário ministerial, realizado anualmente;
• Um Coordenador, cooptado entre os seis países, que assegura a coordenação global do programa, para que foi mandatado Moçambique, na pessoa do Ordenador Nacional do FED para a República de Moçambique;
• Plenários de nível técnico e ministerial. Os primeiros, designados por “RT – Reunião Técnica” têm por finalidade promover a análise administrativa, financeira e técnica do estado do Programa e emitem recomendações para os Ordenadores Nacionais. Os plenários ministeriais designados por “RON – Reunião de Ordenadores Nacionais”, têm competência deliberativa e constituem a instância máxima do programa.

Diferente das organizações regionais (ex. SADC, CEDEAO e IGAD), o grupo PALOP-TL não tem personalidade jurídica e não existe uma estrutura de gestão permanente ou um secretariado executivo. O Ordenador Nacional de Moçambique para o FED é responsável pela coordenação do Grupo.

Do ponto de vista da coordenação e da gestão (aspectos técnicos, administrativos e financeiros), todos os projectos têm uma estrutura similar para a sua execução: um comité de coordenação/pilotagem, uma unidade de gestão do projecto e pontos focais em ministérios parceiros ou outras instituições nacionais.

Alguns projectos são implementados em parceria com organizações internacionais ou com implementadores delegados, como acontece actualmente com o PNUD e com a cooperação portuguesa, respectivamente.